一種水產生物的計數系統與方法。此水產生物的計數系統包含影像擷取裝置以及電腦系統，以進行前述之計數方法。此水產生物的計數方法包含：利用影像擷取裝置來擷取流道影像；於每一流道影像中定義出掃描線；對每一流道影像中之掃描線像素進行二值化處理；根據每一二值化像素資料來決定複數筆水產生物範圍資料；根據水產生物範圍資料來決定每一水產生物範圍資料所對應之水產生物識別與方向資訊；以及根據每一水產生物範圍資料所對應之水產生物識別與方向資訊來決定通過該掃描線之水產生物數量。