本發明提出一種對稱非負矩陣的補值方法，包括：取得一輸入對稱矩陣，其具有連續的多個空值；將輸入對陣矩陣與一目標矩陣之間的差做為半二次函數的輸入以形成一目標函數；以及根據目標函數執行一最佳化演算法以求得目標矩陣。